Gani Jakupi réalise sa première BD, publiée dans un magazine de son Kosovo natal, à 13 ans.

Au début des années '80, il s'installe en France, et écrit le scénario de la trilogie "Matador" (Glénat, 1991-1994), dessinée par Hugues Labiano. Faute d'atomes crochus avec son éditeur, il s'éloigne de la BD et exerce de différents métiers : traducteur, journaliste, designer, maquettiste, régisseur de théâtre, etc. En 2005, il monte la "MusicCollection" (des livres qui combinent BD, critiques musicales et CD) pour un label discographique de Barcelone (DiscMedi), dans laquelle il réalise lui-même quatre titres. Louis-Antoine Dujardin, éditeur de chez Dupuis, le rencontre dans un salon de BD à Barcelone et le convainc de re-publier en France.

Il écrit et dessine "Le roi invisible" (2009) et "Les amants de Sylvia" (2010), publiés par Futuropolis. L'historien Pascal Ory cite "Les amants de Sylvia" comme une oeuvre de référence sur le thème du complot pour l'assassinat de Trotsky, selon lui plus complète et plus précise que celle de Jorge Semprun ou du cinéaste Joseph Lose. Il adapte son propre polar "Día de gracia" (SIMS, 2001), sous le titre "Jour de grâce" (Dupuis, 2010), avec Marc N'Guessan au dessin.

Il évoque son expérience comme journaliste dans "La dernière image" (2012, coll. Noctambule, Soleil). Une réflexion en BD sur les manières de recueillir et de traiter l'information, appuyée par un dossier d'interviews avec des personnalités de la profession : le directeur adjoint d'Associated Press Santiago Lyon, le photographe Ron Haviv, le reporter Christophe Châtelot, etc.

En 2014, "Retour au Kosovo", une douloureuse évocation des premiers mois d'après-guerre au Kosovo du 1999, avec Jorge González au dessin, voit le jour dans la collection Aire Libre (Dupuis).

Un diptyque avec Marc N'Guessan ("Sertao, ou la fin des temps") pour Dargaud, et une série ("Barcelona !"), co-scénarisée par Denis Lapière, et dessinée par Rubén Pellejero et Eduard Torrents, pour Dupuis, sont en chantier. D'autres collaborations (avec Thomas Campi, Maël, Martín Pardo, Leila Marzocchi...) sont en préparation.

Il consacre plus de dix ans de recherches à recueillir les témoignages d'acteurs privilégiés de la révolution, tels que le commandant en chef du Segundo Frente Eloy Gutiérrez Menoyo en personne, à étudier les textes sur le personnage et à explorer les lieux habités par la rébellion castriste — obtenant ainsi des documents inédits à ce jour. C’est en mai 2019 que paraît dans Aire Libre El Comandante Yankee qui est, plus qu'une biographie unique, une fresque inédite sur une période historique cruciale.. Il prépare également un projet en collaboration avec le cinéaste iranien Mohsen Makhmalbaf.

Le café des idées, association grecque sous le haut patronat de l'UNESCO, l'a récompensé pour l'ensemble de son oeuvre avec le prix Alexandre le Grand.

Côté musique, il publie deux albums de jazz, "Aldea" (2012) et "Kismet" (2014) avec sa Gani Jakupi Connections, une formation jazz à "géométrie variable". Il y collabore avec des musiciens venus des quatre coins du monde (Argentine, Brésil, Venezuela, Espagne, Iran, Turquie, Grèce, Kosovo, Moldavie...), dont des pointures comme le trompettiste Raynald Colom, le bandonéoniste Marcelo Mercadante ou le pianiste José Reinoso.